ZendFrameworkってディレクトリ構成をどうしたらいいかわからずに先に進めない！という方は、是非お試しください。

http://framework.zend.com/manual/ja/zend.tool.project.create-a-project.html
↑のマニュアルを参考にしました。

「tool」という名前のディレクトリを作成(どんな名前でも可)して、そこに作成していきます。

mkdir tool
cd tool
zf create project

え！これだけ？と、思いましたが、本当にこれだけです。